提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
北约与欧盟签署合作宣言应对共同威胁******
新华社布鲁塞尔1月10日电(记者任珂)北约和欧盟10日签署合作联合宣言,旨在加强欧洲集体防御,应对共同的安全威胁。
当天上午,北约秘书长斯托尔滕贝格、欧洲理事会主席米歇尔和欧盟委员会主席冯德莱恩在北约总部共同出席了宣言签字仪式。
当天签署的文件是继2016年和2018年之后的第三份北约-欧盟合作联合宣言,双方对合作内容进行了更新。根据欧盟理事会的声明,新宣言说,欧盟和北约将就日益激烈的地缘战略竞争和关键基础设施的保护、新兴和颠覆性的技术、外层空间、气候变化对安全的影响以及外国信息操纵和干扰等方面扩大和深化合作。
斯托尔滕贝格在签字仪式后的记者会上说,北约与欧盟的战略伙伴关系比以往任何时候都更加重要,北约和欧盟将在2023年继续加强对乌克兰的支持。
冯德莱恩在记者会上表示,欧洲安全受到俄乌冲突的挑战,她呼吁欧盟和北约“加强自身的韧性”。
俄乌冲突升级后,北约在欧洲的存在大幅增强,欧盟的战略自主能力在“缩水”,转而更加依赖北约。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)